保交楼项目涉及合同纠纷时，是否可以另行招标单位进行施工，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、可以另行招标的情况

1. 原承包商无法履行或拒绝履行修复义务：若原承包商因破产、丧失施工能力等原因无法继续施工，或明确拒绝履行修复义务，业主为保障工程继续进行，有权选择另行招标。依据《中华人民共和国合同法》相关规定，当一方不履行主要债务时，另一方有权解除合同并选择其他合作伙伴。
2. 合同约定或法定解除条件成就：若合同纠纷严重到符合合同中事先约定的解除条件，或符合法律法规规定的合同解除情形，业主在解除合同后可另行招标。如《中华人民共和国招标投标法实施条例》及《合同法》均支持在特定情况下重新招标或解除合同。
3. 公共利益紧急需求：对于涉及公共利益的保交楼项目，若合同纠纷严重影响公共安全或服务提供，且情况紧急，政府或相关部门可决定另行招标以迅速启动修复或重建工作。
   二、需谨慎考虑另行招标的情况
4. 原合同仍有约束且可通过协商解决：若合同纠纷可通过与原承包商协商解决，且双方就修复方案、费用承担等达成一致意见，原合同仍然具有法律约束力，此时应优先按照原合同继续履行。
5. 另行招标可能导致法律风险：在未经法定程序或未满足合同约定条件的情况下擅自另行招标，可能会引发法律风险，如被原承包商追究违约责任。