项目亏损时，不退还施工员已缴纳的风险抵押金，这一做法通常是违法的。以下从几个方面进行分析：

1. 法律规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。风险抵押金属于以其他名义向劳动者收取的财物，因此，公司收取风险抵押金的行为本身就违反了法律规定。
2. 风险承担主体：公司作为经营主体，应自行承担经营活动中的风险。项目亏损是公司经营管理的一部分，所产生的风险应当通过公司的经营策略、风险控制措施来解决，而不应转嫁给员工，特别是通过收取风险抵押金的方式。
3. 退还风险抵押金：既然公司收取风险抵押金的行为违法，那么在项目亏损时，公司不退还风险抵押金就更是没有法律依据。员工有权要求公司退还已缴纳的风险抵押金，如果公司拒绝退还，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。