包工头与总包签订的抵房协议，其有效性需综合多方面因素判断。以下是对该问题的详细分析：
一、协议有效的前提条件

1. 双方当事人具备完全民事行为能力且意思表示真实：包工头与总包需在平等、自愿的基础上达成抵房协议，无任何欺诈、胁迫或重大误解。
2. 存在合法有效的债务基础：抵房协议的前提是存在真实、合法的债务关系，如工程款拖欠等。
3. 协议内容合法且不违反法律法规强制性规定：协议内容需符合法律、行政法规的规定，不得损害国家、集体或第三人的合法权益。例如，房产需为债务人合法拥有，无权利纠纷，且转让行为不违反法律关于房产流转的强制性规定。
4. 协议形式合规：抵房协议应采用书面形式，并明确房产的位置、面积、价值等关键信息，以确保协议的明确性和可执行性。
   二、导致协议无效或可撤销的情形
5. 恶意串通损害第三人利益：若双方当事人恶意串通，通过抵房协议逃避债务，损害其他债权人的合法权益，协议将被认定为无效。
6. 虚假意思表示：如双方签订协议并非真实的抵房意图，而是为规避税收、套取贷款等非法目的，协议将因虚假意思表示而无效。
7. 违反法律法规强制性规定：协议内容若违反法律、行政法规的强制性规定，如涉及非法土地流转、违反限购政策等，协议将无效。
8. 存在重大误解、显失公平、欺诈、胁迫等可撤销情形：如一方在签订协议时存在重大误解，或协议内容显失公平，或一方以欺诈、胁迫等手段使对方违背真实意思签订协议，受损害方有权请求撤销。