网贷逾期支付令被执行扣款后，已还本金能否申请退回，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、基于法律规定

1. 合法扣款情形：若支付令的申请、审查及执行程序均符合《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，且执行扣款行为合法有效，即金融机构基于合法有效的支付令，从借款人账户中扣划款项以偿还债务，那么借款人已还的本金部分通常难以申请退回。
2. 违法扣款情形：若执行扣款行为存在违法情形，如金融机构未依法申请支付令、支付令存在错误或瑕疵、执行过程中存在超标的扣押等违法行为，借款人可依法提出异议，并申请退回被违法扣划的本金部分。
   二、基于合同约定
3. 合同明确约定：若借款合同中明确约定了逾期还款的处理方式，包括支付令的执行、扣款顺序及金额等，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么借款人应按照合同约定履行还款义务，已还本金部分通常难以申请退回。
4. 合同存在争议：若借款合同中关于逾期还款的处理方式存在争议或不明确，借款人可与金融机构协商解决。若协商无果，借款人可依法向人民法院提起诉讼，请求确认合同效力或变更、撤销合同条款，并据此申请退回已还本金部分。
   三、特殊情形处理
5. 重复扣款或错误扣款：若因金融机构系统故障或操作失误导致重复扣款或错误扣款，借款人应及时联系金融机构并提供相关证据，要求退回多扣或误扣的本金部分。
6. 利率超出法定上限：若借款合同约定的利率超出法定上限，借款人已支付的超出部分利息可依法冲抵本金。在此情形下，借款人可与金融机构协商冲抵事宜，并申请退回冲抵后的剩余本金部分。