发现店铺转让合同存在问题后，可按以下步骤处理：

一、核查合同问题类型

1. 效力瑕疵：检查是否存在《民法典》第一百四十四条、第一百四十八条规定的无效情形（如欺诈、胁迫、恶意串通），或转让方未取得合法处分权（如房东未同意转租）。
2. 履行瑕疵：确认交接内容是否完整（如设备清单、客户资料、经营资质过户等），付款条款是否按约执行。
3. 条款漏洞：审查违约责任、争议解决方式等条款是否明确，避免因约定模糊导致维权困难。

二、优先协商解决

1. 整理证据：收集合同原件、付款凭证、沟通记录、交接清单等材料，明确问题节点及责任方。
2. 提出方案：根据问题类型，要求对方补正履行（如补交资料、完成过户）、支付违约金或赔偿损失。例如，若转让方未移交会员系统导致客户流失，可按预期利润主张赔偿。
3. 签订补充协议：将协商结果书面化，明确履行期限及违约后果，避免口头承诺无法兑现。

三、法律途径维权

1. 诉讼：向合同履行地或被告住所地法院起诉，申请财产保全冻结对方资产。需注意诉讼时效为三年（《民法典》第一百八十八条），自知道权利受损之日起计算。
2. 仲裁：若合同存在有效仲裁条款，应向指定仲裁委申请仲裁，仲裁裁决具有终局性。
3. 执行措施：胜诉后申请强制执行，查封房产、扣押车辆或划扣银行存款，并将对方纳入失信名单限制高消费。

四、风险防范建议

1. 签约前尽职调查：查询工商登记信息核实主体资格，实地走访确认店铺实际经营状况。
2. 合同条款设计：设置分阶段付款机制（定金→交接验收款→尾款），约定高额违约金（建议不低于合同价款的20%），并明确损失赔偿计算方式（如按预期利润计算）。