签订了还贷委提协议但仍从银行卡扣钱，可能由以下原因导致：
一、协议未生效或办理存在问题

1. 协议未生效：还贷委提协议签订后，可能因审批流程、系统更新等原因未立即生效，导致在协议生效前，银行仍按原方式从银行卡扣款。
2. 办理不完整或错误：若协议办理过程中存在信息填写错误、资料不全等问题，可能导致协议无法正常执行，银行只能从银行卡扣款。
   二、公积金账户相关限制
3. 账户余额不足：若公积金账户余额不足以支付当月还款额，即使签订了还贷委提协议，银行也会从银行卡中扣除差额部分。
4. 账户状态异常：公积金账户若因司法冻结、违规提取等原因被限制使用，将无法进行冲还贷操作，银行只能从银行卡扣款。
   三、系统或操作失误
5. 银行系统故障：银行系统可能出现故障，导致无法正常从公积金账户划款，此时只能从银行卡扣钱。这种情况一般是暂时的，银行会在系统修复后进行调整。
6. 信息录入错误：在办理还贷委提业务时，若工作人员将公积金账户信息、还款银行卡信息等录入错误，可能导致无法正常从公积金账户扣款。
   四、其他扣费项目
   除了公积金贷款还款外，还可能存在其他扣费项目，如物业费、水电费等，这些费用可能与公积金账户无直接关联，因此会直接从银行卡中扣除。
   建议措施：为避免不必要的麻烦和损失，建议及时联系公积金管理中心或银行客服部门，查询具体的扣款原因和明细，并定期检查公积金账户和银行账户的交易记录。