民事判决后发现施工合作协议诈骗300万元，仍可追究刑事责任。

1. 合同诈骗罪的认定：根据《中华人民共和国刑法》第二百二十四条，合同诈骗罪指以非法占有为目的，在签订、履行合同过程中，骗取对方当事人财物，数额较大的行为。若施工合作协议中存在虚构事实、隐瞒真相等欺骗手段，且诈骗金额达到300万元，则构成合同诈骗罪。
2. 数额特别巨大的标准：合同诈骗罪中，“数额特别巨大”通常指诈骗公私财物价值五十万元以上。300万元远超此标准，因此属于“数额特别巨大”的情形。
3. 刑事责任的追究：对于数额特别巨大或者有其他特别严重情节的合同诈骗罪，根据《中华人民共和国刑法》第二百二十四条，将处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。刑事责任的追究不受民事判决的影响，即使民事判决已作出，只要发现犯罪行为，仍可依法追究刑事责任。
4. 追诉时效的考虑：虽然合同诈骗罪存在追诉时效的限制，但根据《中华人民共和国刑法》第八十八条，在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。因此，若犯罪嫌疑人在民事判决后未逃避侦查或审判，且未超过追诉时效，则仍可追究其刑事责任。