绿灯三秒停车后车追尾的处理方法主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定。具体处理步骤如下：
一、立即停车并保护现场
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十条，在道路上发生交通事故，车辆驾驶人应当立即停车，保护现场。若造成人身伤亡，车辆驾驶人应当立即抢救受伤人员，并迅速报告执勤的交通警察或者公安机关交通管理部门。
二、判断事故责任

1. 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第四十三条，同车道行驶的机动车，后车应当与前车保持足以采取紧急制动措施的安全距离。因此，在绿灯三秒停车后被后车追尾的情况下，后车通常应承担主要或全部责任，因其未能保持安全距离。
2. 当事人对事故责任有争议的，应等待交通警察到场进行事故认定，并根据事故认定书来划分责任。
   三、处理损害赔偿
3. 若未造成人身伤亡且当事人对事实及成因无争议，可以即行撤离现场，恢复交通，自行协商处理损害赔偿事宜。
4. 若造成人身伤亡或当事人对损害赔偿有争议，应迅速报告执勤的交通警察或者公安机关交通管理部门，并按照其指示进行处理。损害赔偿可能包括医疗费、误工费、护理费、交通费等相关费用。
   综上所述，绿灯三秒停车后车追尾的处理方法包括立即停车保护现场、判断事故责任以及处理损害赔偿。当事人应严格遵守《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，确保事故得到妥善处理。