酒驾被交警部门处理完毕后，单位纪检部门四年后才发现，单位可根据酒驾行为的严重程度及内部规章制度进行处理。以下是对此问题的详细分析：
一、处理依据

1. 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者被依法追究刑事责任的，用人单位可以解除劳动合同。若酒驾行为构成危险驾驶罪，即醉酒驾驶机动车，将面临拘役及罚金处罚，此时单位有权解除劳动合同。
2. 单位规章制度：单位可依据内部规章制度对酒驾员工进行相应处理，确保处理合法合理。
   二、具体处理方式
3. 不构成刑事犯罪：若酒驾行为未构成刑事犯罪，单位可能根据内部规章制度给予警告、记过、降职、撤职等处分，或进行内部通报批评、安全教育等。
4. 构成刑事犯罪：若酒驾行为构成危险驾驶罪，单位可依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同。对于公职人员，还将面临党纪政纪处分，如降级、撤职乃至开除公职。
   三、特殊情况处理
   若酒驾行为虽未当时被发现，但后续被单位纪检部门查实，单位仍可根据上述依据进行处理。处理时，单位应综合考虑酒驾行为的严重程度、员工过往表现及单位性质等因素，确保处理公正、合法、有效。