在运输货物纠纷中，若营业部作为承运人或其分支机构，在符合一定条件下，法院可以判决其承担赔偿责任。以下是对此问题的详细分析：
一、承运人的基本赔偿责任

1. 根据《中华人民共和国民法典》第八百三十二条，承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担赔偿责任。这意味着，如果货物在运输过程中因营业部的原因造成损坏或丢失，且该损坏或丢失并非由不可抗力、货物本身的自然性质或合理损耗以及托运人、收货人的过错造成，营业部应当承担相应的赔偿责任。
   二、赔偿金额的确定
2. 根据《中华人民共和国民法典》第八百三十三条，货物的毁损、灭失的赔偿额，当事人有约定的，按照其约定；没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。法律、行政法规对赔偿额的计算方法和赔偿限额另有规定的，依照其规定。
3. 若营业部属于邮政企业，且货物为给据邮件，则还需根据《中华人民共和国邮政法》第四十七条的规定来确定赔偿额。该条规定了保价与非保价邮件的不同赔偿方式。
   三、特殊情况的处理
4. 如果营业部能够证明货物的毁损、灭失是由于不可抗力、货物本身的自然性质或合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，那么根据《中华人民共和国民法典》第八百三十二条的规定，营业部不承担赔偿责任。
5. 如果营业部为快递企业分支机构，且总部快递企业对其有统一管理责任，那么在分支机构无法承担赔偿责任时，总部快递企业可能需要承担相应的责任。