海上货物运输约定赔偿运费二倍的条款，其有效性需结合具体法律规定与合同条款综合判断，一般情况下，若该约定不违反法律强制性规定，则可能有效。

1. 合同自由原则：根据合同自由原则，当事人在不违反法律强制性规定的前提下，有权自由约定合同条款，包括赔偿条款。因此，若双方当事人在海上货物运输合同中明确约定了赔偿运费二倍的条款，且该约定不违反相关法律法规的强制性规定，则该条款在双方之间具有法律约束力。
2. 赔偿限额与合理性：然而，需要注意的是，海上货物运输合同中承运人的赔偿责任通常受到一定限制，如《海商法》中规定的赔偿责任限额。若约定的赔偿运费二倍超出了法律规定的赔偿责任限额，且无法证明承运人存在故意或重大过失，则该超出部分可能被视为无效。此外，赔偿条款的合理性也是判断其有效性的重要因素。若赔偿金额显著高于实际损失，可能被视为显失公平，从而影响条款的效力。
3. 法律适用与具体条款：在判断海上货物运输约定赔偿运费二倍是否有效时，还需考虑具体法律适用和合同条款。不同国家或地区的法律对海上货物运输赔偿的规定可能存在差异。同时，合同中的具体条款，如赔偿条件、赔偿范围等，也会影响赔偿条款的效力。