在刑事案件中，若多退赃部分最后未被认定为犯罪，法院会退还该部分款项。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国刑法（2023修正）》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。此条款明确了违法所得的追缴与退赔原则，但并未直接涉及多退赃款的处理。然而，从法律原则出发，多退的赃款若不属于违法所得，理应退还。
二、多退赃款的处理原则

1. 公平原则：多退的赃款超出了应退的额度，不属于应当追缴的违法所得范畴。因此，从公平原则出发，这部分款项应视为当事人的合法财产权益，应得到保护。
2. 法院审核与查证：法院在处理此类情况时，会进行严谨的审核和查证，确定多退款项的事实及金额。一旦确认无误，法院会按照法定程序，在案件审理结束或者执行阶段，将多余的款项退还给退缴人。
   三、特殊情况考量

• 在某些特殊情况下，如多退的部分被视为对受害人的额外补偿或对国家的贡献，并得到相关方认可，这部分款项可能不会被要求退还。但这种情况属于少数，需具体案件具体分析。