国企员工刑事案件不起诉的后果需分情况讨论，主要取决于不起诉的类型及国企内部管理规定，具体如下：
一、不起诉的类型及法律后果
- 法定不起诉：依据《刑事诉讼法》第十六条，包括情节显著轻微、犯罪已过追诉时效等情形。此时，诉讼程序终止，员工在法律上被视为无罪，不留犯罪记录，国企通常不会因此采取额外措施，员工可继续正常工作。
- 酌定不起诉：犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，人民检察院可作出不起诉决定。虽然未被起诉，但因存在犯罪事实，国企可能依据内部管理规定，对员工进行内部通报批评、警告等处分，影响其绩效考核和晋升机会。
- 证据不足不起诉：二次补充侦查后仍证据不足，不符合起诉条件的，人民检察院应作出不起诉决定。此时，员工在法律上处于无罪状态，但国企可能出于谨慎考虑，暂时调整其岗位安排，待无新证据出现后，员工有机会恢复正常职业发展。
二、其他可能的影响
- 舆论和声誉：不予起诉的消息可能在企业内部传播，引发猜测和议论，对员工个人声誉造成压力，影响工作心态和团队协作。
- 特殊岗位调整：对于处于资金管理、核心机密等特殊岗位的员工，国企可能因防范潜在风险而重新评估其岗位适应性，并进行必要的岗位调整。
- 内部处理：若员工行为违反企业规章制度或职业道德，国企有权依据内部规定对其进行处罚，如罚款、降级、调岗等，但不得开除公职（除非另有严重违规违纪行为）。
