刑事案件的处理由多个机关分工负责，具体如下：
一、侦查阶段

1. 公安机关：负责大多数刑事案件的侦查工作，包括立案、收集证据、询问证人、讯问犯罪嫌疑人等。《中华人民共和国刑事诉讼法》第十九条明确规定，刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。
2. 特定机关：

• 国家安全机关：负责危害国家安全的刑事案件，行使与公安机关相同的职权（《中华人民共和国刑事诉讼法》第四条）。
• 军队保卫部门：对军队内部发生的刑事案件行使侦查权（《中华人民共和国刑事诉讼法》第三百零八条）。
• 中国海警局：履行海上维权执法职责，对海上发生的刑事案件行使侦查权（《中华人民共和国刑事诉讼法》第三百零八条）。
• 监狱：对罪犯在监狱内犯罪的案件进行侦查（《中华人民共和国刑事诉讼法》第三百零八条）。
• 人民检察院：在特定情况下，如司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供等犯罪，以及公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查（《中华人民共和国刑事诉讼法》第十九条）。
  二、审查起诉阶段
  人民检察院：负责对公安机关、监察机关等移送的案件进行审查，决定是否提起公诉。人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，向人民法院提起公诉（《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十六条）。
  三、审判阶段
  人民法院：负责审理人民检察院提起公诉的案件，依法作出判决。未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪（《中华人民共和国刑事诉讼法》第十二条）。