犯罪嫌疑人主动到案后第一次笔录未如实供述，第二次笔录如实供述的，一般不能认定为自首，但存在例外情况。以下是对此问题的详细分析：

一、自首的认定标准

根据《最高人民法院关于处理自首和立功具体应用法律若干问题的解释》第一条及《中华人民共和国刑法（2023修正）》第六十七条的规定，自首需满足两个核心要件：自动投案与如实供述自己的罪行。其中，“如实供述”要求犯罪嫌疑人在投案后首次接受讯问时即完整交代主要犯罪事实。

二、未如实供述第一次笔录的法律后果

1. 一般情形：若首次笔录存在隐瞒、歪曲或否认关键事实的情形（如虚构作案时间、地点、手段等），即使后续主动补充供述，通常仍被视为未满足“如实供述”的法定条件，不能认定为自首。
2. 例外情形：若犯罪嫌疑人在首次讯问后较短时间内（如当日或次日）主动纠正不实陈述，且补充内容能够完整还原案件真相，司法实践中可能结合具体案情认定其具备如实供述的实质要件。但需注意，对犯罪性质、作案手段等关键要素的反复翻供将直接排除自首适用。

三、实务操作中的考量因素

1. 供述的及时性与完整性：司法机关会重点核查首次供述与在案物证、书证、证人证言等证据是否形成印证关系，避免因孤立采信供述导致事实认定偏差。
2. 悔罪表现与从宽情节：当存在退赃退赔、协助抓捕同案犯等法定从宽情节时，司法机关可能综合全案表现对供述瑕疵予以适度容忍，但需确保供述的真实性与主动性。