非法经营罪5万犯罪未遂，检察院仍提起公诉的原因可从以下方面分析：
一、犯罪未遂的认定与法律后果

1. 根据《中华人民共和国刑法》第二十三条，犯罪未遂是指已经着手实行犯罪，由于犯罪分子意志以外的原因而未得逞。非法经营罪未遂，表明行为人已开始实施非法经营行为，但因意志外因素未能完成。
2. 犯罪未遂并不免除刑事责任，检察院仍可提起公诉。对于未遂犯，可依犯罪性质、情节及社会危害程度，比照既遂犯从轻或减轻处罚，但并非不处罚。
   二、非法经营罪的构成与数额标准
3. 非法经营罪指违反市场准入或经营许可规定，扰乱市场秩序，情节严重的行为。其构成不局限于实际经营数额，还包括经营方式、持续时间、社会影响等因素。
4. 5万数额虽未达某些地区或情形下的“情节特别严重”标准，但若伴随其他严重情节，如多次非法经营、造成恶劣社会影响等，仍可能被认定为“情节严重”，从而构成犯罪。
   三、检察院提起公诉的考量因素
5. 检察院在审查起诉时，会综合全案证据和情节，判断犯罪嫌疑人是否构成犯罪及应否追究刑事责任。即使犯罪未遂，若社会危害性大，检察院仍可能提起公诉。
6. 检察院还会考虑犯罪嫌疑人的认罪态度、悔罪表现、是否赔偿损失等因素，这些因素可能影响量刑，但不影响起诉决定。