女方有乙肝的情况下，离婚时孩子的抚养权判决会考虑多个因素。一般来说，两周岁以下的孩子通常会判给母亲抚养。但如果母亲患有乙肝，法院在判决时会综合考虑孩子的健康和安全，以及母亲是否能够妥善照顾孩子。

1. 如果孩子已经及时接种了乙肝疫苗并定期接受加强针，且母亲能够提供医学证明表明孩子被感染的风险较低，那么法院仍有可能将抚养权判给母亲。
2. 法院也会考虑父亲是否愿意并有能力承担抚养责任。如果父亲具备抚养条件并愿意承担抚养责任，法院可能会倾向于将抚养权判给父亲，以确保孩子的健康和安全。
3. 此外，法院还会尊重孩子的真实意愿，如果孩子已经具备了一定的判断能力，并且表达了希望跟随哪一方生活的意愿，法院会予以考虑。
   综上所述，在女方有乙肝的情况下，离婚时孩子的抚养权判决是一个复杂的问题，需要综合考虑多个因素。最终判决结果将取决于法院的具体裁决和实际情况。请注意，以上分析仅供参考，并不能替代专业法律咨询。如有需要，请寻求专业律师的帮助。