在女方已起诉离婚，开完庭后双方又达成协议的情况下，可以按照以下步骤处理：
一、确认协议内容并签订书面协议
- 协商并明确协议内容：双方需就离婚意愿、子女抚养问题（包括抚养权归属、抚养费数额及支付方式）、财产分割（明确各自分得的财产内容和价值）以及债务分担等事项进行详细协商，并达成一致意见。
- 签订书面离婚协议：将协商好的内容整理成书面离婚协议，确保协议内容真实、合法、有效。协议中应明确双方的权利和义务，以及违约责任等条款，以避免后续产生纠纷。建议双方在签订前咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。
二、选择处理方式：撤诉后协议离婚或请求法院出具调解书
方式一：撤诉后协议离婚
- 向法院申请撤诉：若双方已达成协议，并希望以协议离婚的方式结束婚姻关系，女方可以向法院申请撤诉。法院在审查后，若认为撤诉申请符合法律规定，将裁定准予撤诉。
- 办理离婚登记：撤诉后，双方需共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关提交离婚申请，并提交书面离婚协议。婚姻登记机关对离婚协议进行审查，确认双方自愿离婚且已就相关事项协商一致后，予以登记并发给离婚证。离婚证是婚姻关系解除的有效凭证，自领取之日起，双方便正式解除婚姻关系。
方式二：请求法院出具调解书
- 向法院提出调解申请：若双方希望法院以调解书的形式确认离婚协议的内容，可以在庭审结束后向法院提出调解申请。法院在收到申请后，将安排调解员或法官进行调解。
- 制作调解书：在调解过程中，双方将协商好的内容形成调解协议。调解协议达成并经双方签字确认后，法院将制作民事调解书。该调解书与判决书具有同等法律效力，自双方签收后即生效，婚姻关系随之解除。
三、履行协议或调解书内容
- 办理相关手续：无论是通过协议离婚还是法院调解离婚，双方都无需再办理离婚证。民事调解书或离婚证即是婚姻关系解除的有效凭证。双方应按照协议或调解书的内容，履行各自的义务，如支付抚养费、进行财产交接和过户等手续。
- 处理后续争议：若在履行协议或调解书过程中产生争议，双方应首先尝试通过协商解决。若协商不成，可以依法向法院提起诉讼或申请强制执行。
