轻伤二级案件撤案后是否留有案底，取决于案件的具体处理阶段和撤案原因，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
一、公安机关撤销案件的情况
- 无案底情形：
- 不存在犯罪事实或证据不足：在侦查阶段，公安机关经过调查，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任，如查明“轻伤二级”鉴定结果存在错误，实际损伤程度未达到轻伤标准，或案件系误会、假报案等，从而撤销案件。此时，因不存在犯罪行为，故不会留下案底。
- 情节显著轻微、危害不大：依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条，若案件情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，公安机关应当撤销案件，且不会留下案底。
- 有案底情形：
- 法定免责情形：若轻伤二级案件符合《刑事诉讼法》第十六条规定的法定情形，如犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等，虽然不再追究刑事责任，但犯罪行为本身存在，因此会留下案底。
二、检察机关作出不起诉决定的情况
- 绝对不起诉（法定不起诉）：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条第一款规定，若犯罪嫌疑人没有犯罪事实或存在法定不起诉情形，人民检察院应作出不起诉决定。此时，因无犯罪行为发生，故不会留下案底。
- 相对不起诉（酌定不起诉）：
- 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院可作出相对不起诉决定。虽然犯罪行为存在，但由于检察院决定不起诉，根据相关规定，这种情况不会留下案底。
- 存疑不起诉：
- 对于二次补充侦查后仍然认为证据不足的案件，检察院应作出存疑不起诉决定。由于不能确定犯罪嫌疑人有罪，按照无罪推定原则，不会留下案底。
三、法院审判后撤案的情况
- 已判决案件撤案：若轻伤二级案件已经经过法院审判并作出了判决，即使后续双方和解或因其他原因撤案，也无法消除已经存在的犯罪记录。在这种情况下，撤案后仍然会留下案底。
四、相关违法处理记录的影响
- 违法处理记录的存在：虽然撤案后不一定留下案底，但相关违法处理记录（如撤案决定书、调解协议等）仍可能存在于公安机关的档案中。这些记录虽然不属于刑事处罚记录，但在某些特定场合（如就业、政审等）可能会对个人产生一定影响。
