食品经营违法所得的认定主要根据《中华人民共和国行政处罚法》第二十八条以及相关法律法规进行。违法所得是指实施违法行为所取得的款项，这通常涉及到全部违法销售收入。
一、关于违法所得的认定
违法所得的认定是指行为人通过法律禁止的手段获取的财产。若行为人通过合法手段或途径获取财产，则这些财产不属于违法所得的讨论范围。违法所得与个人财产有所区别，个人财产是行为人合法所有的财产。由于违法所得的获取渠道不合法，即使行政相对人事实上占有了金钱或财物，也不能获得法律所承认的所有权。
二、食品经营违法所得的特别认定
在食品经营领域，违法所得的认定可能因不同环节（如生产、流通、餐饮服务等）而有所差异。例如，在食品生产环节和食品流通环节，一般采取“获利说”来认定违法所得，即获取的利润被视为违法所得。而在餐饮服务环节，一般采取“全部说”，即将从事餐饮服务活动所取得的相关营业性收入全部视为违法所得。
三、没收违法所得的情形与标准
没收违法所得是行政处罚的一种，是行政机关或司法机关依法对违法行为人取得的违法所得财物予以强制性剥夺的处罚方式。在食品经营违法案件中，一旦违法所得被认定，相关机关将依法对其进行没收。
综上所述，食品经营违法所得的认定主要依据相关法律法规，并考虑到食品经营的不同环节。在认定过程中，需严格遵循法律程序，确保公正、公平地处理每一个案件。