当军人的妻子在学校被欺负时，可采取以下措施来维护自身合法权益：
一、立即报警并收集证据

1. 报警处理：无论欺负行为性质如何，军人的妻子应第一时间向当地公安机关报案，详细陈述事件的时间、地点、涉及人员及具体经过，以便警方迅速介入调查。
2. 收集证据：在等待警方到场的同时，应尽可能收集现场照片、视频、相关证人信息、医院诊断证明（如有身体伤害）、聊天记录、通话录音等所有可能的证据，这些证据对于后续的法律程序至关重要。
   二、寻求部队与地方部门支持
3. 联系部队：将军人的妻子被欺负的情况及时告知军人所在部队的政治机关或保卫部门，部队通常会高度重视并采取措施，如与地方相关部门沟通协调，为军人的妻子提供必要的支持和帮助。
4. 地方部门协助：对于民事纠纷，可向当地的居委会、村委会、人民调解委员会等基层调解组织反映情况，寻求调解解决；若涉及治安案件或刑事案件，除报警外，还应积极配合公安机关的调查工作。
   三、法律途径维权
5. 民事诉讼：对于无法通过调解解决的民事纠纷，或需要追究侵权人赔偿责任的，可向有管辖权的法院提起民事诉讼。
6. 刑事自诉或附带民事诉讼：若欺负行为构成刑事犯罪，如侮辱、诽谤等，军人的妻子可以自行向人民法院提起刑事自诉；在刑事案件中，若遭受了物质损失，可在刑事诉讼过程中提起附带民事诉讼，要求犯罪嫌疑人进行赔偿。