持有食品经营许可证却被告侵权，应冷静应对，通过收集证据、协商解决、行政投诉或司法诉讼等途径维护自身权益。具体分析如下：
一、收集证据

1. 商标相关证据：核查自身商标证信息，包括核定使用范围、有效期等，确保自身商标使用合法。同时，收集销售合同、发票等，证明自身商品或服务的合法来源。
2. 侵权相关证据：收集对方侵权证据，如侵权商品实物样本（最好经过公证购买）、广告宣传资料、网页截图等，以证明对方存在侵权行为。
   二、协商解决
3. 主动沟通：在初步分析后，主动与对方沟通，表达解决意愿，尝试通过和解方式解决纠纷。
4. 协商方案：根据实际情况，提出解决方案，如停止侵权行为、赔偿损失等，并努力达成和解协议。
   三、行政投诉或司法诉讼
5. 行政投诉：若协商无果，可向侵权行为发生地的工商行政管理部门提交投诉材料，包括证据和投诉书。工商部门将调查核实投诉，并采取相应措施，如责令停止侵权、没收侵权商品和工具、销毁侵权商品、处以罚款等。
6. 司法诉讼：若行政投诉无法解决问题，可向有管辖权的人民法院提起诉讼。起诉前需准备起诉状、侵权证据及相关法律文件，并可委托知识产权律师代理诉讼以提高胜诉概率。法院将按照法定程序审理案件，最终作出判决。若侵权成立，侵权人需承担停止侵权、赔偿损失等民事责任。