单位侵权纠纷的处理，需根据纠纷性质与实际情况，灵活选择协商、调解、仲裁或诉讼等方式进行解决。具体处理流程如下：
一、确认侵权事实与收集证据

1. 收集侵权行为证据：通过拍照、录像、保存网页截图、下载相关文件等方式，固定侵权行为的过程和场景。例如，商标侵权需收集侵权商品实物、包装照片等；网络著作权侵权则需保存侵权作品的网页截图和传播链接。
2. 收集损害后果证据：提供财务记录、合同文件等，证明因侵权行为导致的损失，如产品销量下降对比数据、医疗费用清单等。
3. 收集权利证明证据：出示商标注册证书、专利证书、著作权登记证书等，证明自己对被侵权权利拥有合法权益。
   二、选择合适的处理方式
4. 协商解决：以书面或口头形式联系侵权方，明确指出侵权行为并提出解决方案。律师函具有威慑作用，可作为正式告知手段。根据评估的损害程度提出合理赔偿金额，并通过友好协商达成和解协议。
5. 请求第三方调解：向行业协会、消费者协会、人民调解委员会等申请调解，利用其中立地位和丰富经验促进纠纷解决。配合调解程序，如实陈述纠纷情况并提供证据，积极考虑调解方案并寻求达成一致意见。
6. 申请仲裁：若双方事先约定了仲裁条款或在纠纷发生后达成仲裁协议，可提交仲裁申请书并说明纠纷事实、请求和证据。仲裁庭审理后作出裁决，该裁决具有终局性且对双方有约束力。
7. 提起诉讼：向有管辖权的法院提起诉讼，准备起诉状并提交相关证据。庭审时遵守纪律，进行陈述、举证、质证和辩论。等待法院判决，如对一审判决不服可在规定期限内提起上诉。