司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看，可能会结案，也可能不会立即结案，以下为你详细分析：

    可以结案的情况

    执行和解分期履行

   在执行阶段，双方当事人达成执行和解协议，约定分期付款。如果被执行人严格按照协议约定的期限和金额履行付款义务，直至全部债务履行完毕，法院会根据具体情况作结案处理。一般来说，这种情况下法院可能会以“执行完毕”方式结案。

    诉讼中和解分期履行并履行完毕

   在诉讼过程中，双方当事人达成和解协议，约定分期付款。原告向法院申请撤诉，且被告按照和解协议完成了全部的付款义务，案件通常会以原告撤诉的方式结案。

    不会立即结案的情况

    执行和解分期履行但未履行完毕

   虽然双方达成了执行和解分期还款协议，但只要被执行人还在按照协议履行还款义务的过程中，案件就不会立即结案。法院一般会对案件作“终结本次执行程序”处理，而不是直接结案。这是因为在整个分期履行期间，存在被执行人不按时履行的可能性，法院仍需对执行情况进行一定的监管。

    和解协议未完全履行

   如果在约定的分期付款过程中，被执行人出现违约，未按照协议按时、足额支付款项，那么案件不会结案。此时，申请执行人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书，法院会重新启动执行程序，继续采取相应的执行措施，督促被执行人履行义务。