司法协商分期付款后案件一般会以不同方式结案，以下分情况为你说明：

    民事案件

    诉讼前协商

   如果在起诉前，双方当事人自行协商达成了分期付款的协议，并且债务人按照协议开始履行还款义务，债权人通常不会再向法院提起诉讼，也就不存在后续的诉讼程序，自然不存在法院结案的问题。

    诉讼中协商

    法院出具调解书 ：在法院审理民事案件过程中，若双方达成分期付款的调解协议，法院会根据该协议制作调解书。调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力。一旦生效，等同于案件结案，它与判决书具有同等的执行力。如果债务人不按照调解书履行分期付款义务，债权人可以直接向法院申请强制执行。

    原告撤诉 ：原被告双方达成分期付款的一致意见后，原告也可能会选择向法院申请撤诉。法院裁定准许撤诉后，案件也会结案。不过需要注意的是，撤诉后原告如果发现被告不履行分期协议，仍可以再次起诉。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼

   在刑事附带民事诉讼中，如果就民事赔偿部分达成了分期付款的协议，并且获得了被害人的谅解，刑事部分会继续按照法定程序进行。对于民事赔偿部分，若双方履行协议完毕，该部分可以结案。而刑事部分是否结案，要依据法院的判决结果，只有法院作出最终判决，刑事案件才会正式结案。

    单纯的刑事和解

   在一些轻微刑事案件中，犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪，通过向被害人赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解，双方达成和解协议并约定分期付款赔偿损失。公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议，人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。如果检察院作出不起诉决定，案件即告终结；如果起诉到法院，最终以法院判决结案。