司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商分期付款协议，并且该协议得到了法院的认可（比如通过法院出具调解书的形式予以确认），当债务人按照协议约定的时间和金额按时、足额履行了分期付款义务后，案件通常会结案。

   例如，甲起诉乙偿还借款 10 万元，在法院主持下双方达成司法协商，约定乙分 5 期偿还，每月偿还 2 万元。乙严格按照该协议履行还款义务，这种情况下，法院会认定债务已经清偿，从而将案件作结案处理。

    可能暂不结案

    - 如果债务人只是与债权人达成了分期付款的协议，但尚未完全履行完毕付款义务，案件一般不会立即结案。法院会持续关注协议的履行情况，以保障债权人的合法权益。

    - 另外，若在履行分期付款协议过程中，债务人出现违约行为，如未按时支付某一期款项，债权人有权依据协议或相关法律规定，要求债务人一次性支付剩余全部款项，并可向法院申请强制执行。此时案件不仅不会结案，还会进入到执行程序。

    刑事案件附带民事赔偿部分

    刑事部分

   刑事案件的核心是对犯罪行为的定罪和量刑，其不会因为犯罪嫌疑人与被害人就民事赔偿达成分期付款协议而结束。犯罪嫌疑人需要承担的刑事责任，要依据法律和犯罪事实来判定，经过侦查、审查起诉、审判等法定程序后，由法院作出判决。

    民事赔偿部分

   如果犯罪嫌疑人与被害人就附带民事赔偿达成了司法协商分期付款协议，并且按照协议履行完毕赔偿义务，那么附带民事部分通常会结案。但如果犯罪嫌疑人不履行协议，被害人可以申请法院强制执行，在执行完毕之前，附带民事部分的案件不会结案。