司法协商分期付款后案件通常会有不同的处理结果，不一定直接结案，以下为你详细分析：

    一般会结案的情况

    按约定履行还款义务

   在司法协商达成分期付款协议后，如果债务人严格按照协议约定的时间和金额按时、足额还款，直至还清全部债务。这种情况下，债权人的债权得到实现，双方的纠纷得到彻底解决，法院一般会作出结案处理。

   例如，在民间借贷纠纷中，法院主持双方达成了分期还款协议，债务人按照协议分12期还清了欠款，此时法院会将该案件作结案处理。

    双方达成并履行其他和解方案

   除了还款本身，如果在分期还款过程中，双方就纠纷达成了其他和解方案并履行完毕，也可能导致案件结案。比如债权人同意在债务人完成分期还款后，放弃部分利息主张，当债务人完成还款且债权人确认放弃相应利息时，案件也会结案。

    可能不会结案的情况

    债务人未按协议履行

   如果债务人在分期付款过程中出现违约行为，如未按时还款、还款金额不足等，债权人有权依据协议和相关法律规定，要求债务人一次性偿还剩余全部债务，甚至可以向法院申请恢复执行。此时，案件不会结案，而是会继续处于司法程序中。

   例如，在买卖合同纠纷中，双方协商好分5期支付货款，但债务人第二期就未按时支付，债权人可以要求债务人一次性支付剩余的3期货款，法院也会继续对该案件进行审理或执行。

    出现新的争议或纠纷

   在分期还款期间，如果双方就协议的条款解释、履行方式等方面产生新的争议，或者出现了与原纠纷相关的新情况，案件也不会轻易结案。比如，在债务分期偿还过程中，债务人发现债权人提供的商品存在质量问题，要求减少还款金额，双方因此产生新的纠纷，法院可能需要对新的争议进行审理，案件就会继续处于司法程序中。