司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般情况

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商，确定了分期付款的方案，并且该方案得到法院的认可（比如通过法院制作调解书的方式予以确认）。当债务人按照分期付款协议按时、足额履行了全部付款义务后，案件通常会结案。

   例如，在买卖合同纠纷中，卖方起诉买方支付货款，双方在法院主持下达成调解，约定买方分三期支付货款。买方依约支付完所有款项后，法院会终结该案件的执行程序或审判程序，作结案处理。

    特殊情况

   如果债务人没有按照分期付款协议履行义务，哪怕只是其中一期未按时支付，债权人有权依据相关法律文书（如调解书）向法院申请强制执行。在这种情况下，案件不会结案，而是会进入强制执行程序。

   比如上述案例中，买方第二期款项逾期未支付，卖方就可以向法院申请强制执行剩余未支付的款项，此时案件会继续处于司法程序中。

    刑事案件附带民事赔偿部分

    达成和解并履行

   在刑事案件中，涉及附带民事赔偿时，如果被告人与被害人就民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议，并且被告人按照协议全部履行完毕赔偿义务，法院在对刑事案件进行判决时，会将此作为被告人认罪悔罪、积极赔偿的情节予以考虑。对于附带民事部分，法院会作结案处理，但刑事案件本身会根据具体犯罪情况进行判决。

   例如，在故意伤害案件中，被告人与被害人达成附带民事赔偿的分期付款协议，被告人全部履行后，附带民事诉讼部分结束，但刑事部分仍会依照法律规定对被告人的犯罪行为进行定罪量刑。

    未履行赔偿协议

   若被告人未按协议履行分期付款义务，被害人可以要求法院对被告人未履行的赔偿部分进行强制执行。此时，附带民事赔偿部分的案件不会结案，会持续处于执行状态，同时也可能会影响法院对被告人刑事部分的量刑考量。