司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看，以下为你详细阐述：

    会结案的情况

    执行和解分期履行

   在执行程序中，双方当事人达成执行和解协议，约定分期付款。如果债务人按照和解协议约定的期限和金额按时、足额履行了全部付款义务，执行法院通常会以执行完毕方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，胜诉后进入执行阶段，甲乙达成执行和解协议，约定乙分三期，每月偿还3.3万余元，三个月还清。乙严格按照该协议履行了还款义务，法院就会结案。

    诉讼中和解分期履行

   在诉讼过程中，原被告双方达成和解协议，约定被告分期付款，原告向法院申请撤诉，经法院审查符合撤诉条件的，法院会裁定准许撤诉，诉讼程序终结，案件也就此结案。

   比如在一个买卖合同纠纷案件中，原告某公司与被告某企业在法院主持下进行调解，达成被告企业分期支付货款的协议，随后原告向法院申请撤诉，法院裁定准许后，案件结案。

    不会结案的情况

    执行和解未完全履行

   在执行和解分期付款过程中，如果债务人没有按照和解协议的约定履行义务，比如出现逾期支付或者支付金额不足等情况，债权人可以申请恢复对原生效法律文书的执行，此时案件不会结案，执行程序会继续进行。

   例如上述甲和乙的案例中，乙只支付了第一期款项后就不再履行，甲有权向法院申请恢复原判决的执行，法院会继续采取执行措施，案件处于未结案状态。

    需监督履行情况

   即便双方达成了分期付款协议，法院可能为了确保协议的履行，在一定期限内不会立即结案，而是对履行情况进行监督。只有在确定债务人完全履行义务后，才会正式结案。比如一些涉及人数众多、社会影响较大的案件，法院就可能采取这种方式。