司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    可以结案的情况

    - 在民事纠纷中，当双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案，且该方案得到法院的认可（比如通过法院出具调解书的形式予以确认）。如果债务人按照分期付款协议按时、足额履行了全部还款义务，那么案件通常会以执行完毕的方式结案。

    - 例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院主持下双方达成司法协商，乙分三期偿还借款，乙按照约定在规定时间内还清了 10 万元，法院会将此案件做结案处理。

    不会结案的情况

    - 如果债务人没有按照司法协商确定的分期付款方案履行义务，出现逾期还款或者拒绝还款的情况，那么案件就不会结案。此时，债权人可以依据之前的协议或者法院的调解书等法律文书，向法院申请强制执行。

    - 比如上述案例中，乙只偿还了第一期款项后就不再还款，甲可以向法院申请强制执行乙的财产来偿还剩余欠款，在这种情况下案件会进入执行程序，直到债务全部清偿或者出现其他法定的结案情形（如终结执行等）才会结案。

    刑事案件

   - 刑事案件中涉及的民事赔偿部分可以进行协商分期付款。如果犯罪嫌疑人或其家属与被害人达成民事赔偿的分期付款协议并积极履行，在刑事部分，犯罪嫌疑人仍需承担相应的刑事责任，案件不会因为民事赔偿的协商分期付款而直接结案。

    - 例如，在故意伤害案件中，犯罪嫌疑人除了要面临刑事处罚外，还需对被害人进行民事赔偿。若双方就民事赔偿达成分期付款协议，犯罪嫌疑人后续也按协议履行赔偿义务，但刑事诉讼程序依然会按照法律规定继续进行，直到法院对犯罪嫌疑人作出最终的刑事判决，案件才会在刑事层面上结案。