司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    一般情况下可以结案

    在民事诉讼中

   如果双方在法院主持下达成了分期付款的调解协议，并且该协议得到了法院的确认，以民事调解书的形式固定下来。通常在双方按照调解协议开始履行分期付款义务后，法院会将案件作结案处理。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院调解下，双方达成乙分三期还清借款的协议，法院出具了民事调解书。当乙按照约定开始偿还第一期款项后，法院会将此案按调解结案。

    在执行阶段

   当进入执行程序后，双方当事人达成执行和解协议，约定分期付款。如果申请执行人向法院书面申请终结执行程序，法院审查符合规定的，也会裁定终结执行，从而使案件结案。比如，丙在法院判决丁支付货款后申请强制执行，执行过程中双方达成丁分期支付货款的和解协议，丙向法院申请终结执行，法院审查后裁定终结执行，案件结案。

    存在不结案或恢复执行的情况

    未完全履行协议

   在达成分期付款协议后，如果债务人没有按照协议的约定按时、足额支付款项，那么案件就不会真正终结。在民事诉讼中，债权人可以依据调解书再次申请强制执行；在执行和解分期的情况下，债权人可以申请恢复原生效法律文书的执行。例如，上述案例中乙没有按时支付第二期款项，甲就可以向法院申请强制执行剩余款项；丁未按执行和解协议支付货款，丙可申请恢复原判决的执行。

    涉及刑事附带民事诉讼

   在刑事附带民事诉讼中，即便双方就民事赔偿部分达成了分期付款协议，刑事案件部分仍会按照刑事诉讼程序继续进行，不会因为民事赔偿的分期付款安排而结案。例如，在一个故意伤害案件中，被告人与被害人就民事赔偿达成了分期赔偿协议，但刑事案件依然要经过侦查、审查起诉、审判等环节，直至对被告人的刑事责任作出最终判决。