司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看，以下从不同司法程序为你具体分析：

    民事诉讼程序

    会结案的情况

    - 在法院主持下，双方达成了分期付款的调解协议，且债务人按照协议约定按时、足额履行了每一期还款义务。这种情况下，债权人的权益得到了保障，案件的争议已经解决，法院通常会按照程序结案。

    - 例如，甲起诉乙偿还借款10万元，在法院调解下，双方达成协议，乙分5期偿还，每月偿还2万元。乙严格按照协议履行，全部款项还清后，法院会终结该案件的审理并结案。

    不会立即结案的情况

    - 若只是达成了分期付款的司法协商，但债务人尚未完全履行完还款义务，案件一般不会结案。法院会对案件进行跟踪，以确保协议的履行。因为在债务人未还清款项之前，债权债务关系依然存在，债权人的权益还未完全实现。

    - 比如上述案例中，乙只偿还了前2期共4万元后就不再履行还款义务，此时债权人甲可以向法院申请强制执行剩余款项，案件不仅不会结案，还会进入强制执行程序。

    刑事附带民事诉讼程序

    会结案的情况

   在刑事附带民事诉讼中，如果被告人与被害人就民事赔偿部分达成分期付款协议，并且被告人依约履行完毕，同时刑事部分也已经审理终结（如作出判决且判决生效），那么整个刑事附带民事诉讼案件会结案。

    不会立即结案的情况

   如果被告人没有按照分期付款协议履行民事赔偿义务，即使刑事部分已经判决，附带民事部分依然需要继续处理，案件不会结案。被害人可以通过法院要求被告人继续履行赔偿义务，若被告人拒不履行，可能面临强制执行等措施。

    执行程序

    会结案的情况

   在执行程序中，双方达成执行和解协议，约定分期付款。当被执行人按照和解协议全部履行完毕后，法院会作执行结案处理。

    不会立即结案的情况

   达成执行和解协议后，若被执行人未履行或者未全部履行和解协议，申请执行人可以申请恢复执行原生效法律文书，法院会继续执行程序，案件不会结案。例如，在法院执行甲对乙的财产给付判决时，双方达成和解协议，乙分3期支付欠款，但乙仅支付了第一期后便停止支付，甲申请恢复执行，案件将继续处于执行状态。