司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事纠纷中，如果双方通过司法途径（如在法院主持下达成调解协议，约定分期付款；或者自行协商后经法院司法确认达成还款计划）确定了分期付款方案，且债务人按照该方案按时、足额履行了每一期还款义务，那么案件通常会以执行完毕或者调解结案等方式处理。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，经法院调解，双方达成协议，乙分10个月每月偿还1万元。乙按照协议如期还款，法院会根据情况作出结案处理，出具结案通知书等法律文书。

    可能不会立即结案

   若在协商分期付款过程中，债务人出现逾期还款等违约情形，债权人有权依据协议或者相关法律规定，要求债务人一次性偿还剩余款项，并可申请法院恢复执行。在这种情况下，案件不会结案，而是会继续处于执行程序中。

   比如，还是上述案例，乙偿还了前3期后就不再还款，甲可以向法院申请恢复执行剩余的7万元欠款，此时案件会继续推进，直至债务全部清偿或者出现其他法定的结案情形。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   如果刑事案件中涉及附带民事诉讼，双方就民事赔偿部分达成分期付款协议，当赔偿款按照协议全部履行完毕后，附带民事诉讼部分会结案。但刑事案件本身的刑事处罚部分，会依据法律规定和法院判决执行，不受民事赔偿分期付款的影响。

   例如，在故意伤害案件中，被害人提起附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失，双方协商分期赔偿。当被告人按约赔偿完毕，附带民事诉讼部分终结，但被告人仍需承担相应的刑事责任，如服刑等。

    不存在单纯的“司法协商分期付款结案”情况

   刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，犯罪嫌疑人、被告人不能通过与被害人协商分期付款的方式来使刑事案件结案。刑事责任的承担由法律规定，需经过侦查、审查起诉、审判等法定程序来确定，最终根据判决结果执行刑罚。