司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看，以下为你详细分析：

    民事案件

    通常情况

   在民事案件中，司法协商分期付款往往意味着双方当事人达成了和解协议，比如在债务纠纷里，债权人同意债务人分期偿还债务。如果双方按照达成的协议履行，且债权人向法院明确表示债务问题已得到妥善解决，申请撤回起诉或者法院根据实际情况认定案件已无继续审理的必要，法院通常会作出结案处理。

    特殊情况

   若在分期付款过程中，债务人未按照约定的时间、金额等履行还款义务，出现违约情形，债权人有权依据协议和相关法律规定，要求法院恢复对原案件的执行。这种情况下，案件就不会因之前的协商分期付款而真正结案。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   在刑事附带民事诉讼中，对于民事赔偿部分，双方可以协商分期付款。若被告人按照协商的方案完成赔偿，被害人表示谅解并向法院说明情况，刑事附带民事诉讼部分通常会结案。不过，刑事案件的刑事部分是由国家公诉机关代表国家进行追诉，不会因为民事赔偿的协商分期付款而直接结案，依然要依据法律规定对犯罪嫌疑人的犯罪行为进行审判。

    单纯刑事案件

   在单纯的刑事案件里，不存在分期付款的概念。犯罪嫌疑人需要承担的刑事责任，如判刑、罚金等，是由法院根据犯罪事实和法律规定作出判决，判决生效后按照相关程序执行，整个刑事诉讼程序会按照法律规定的流程进行，直至最终结案。