司法协商分期付款后案件通常会结案，但具体情况要分不同场景来看：

    民事诉讼

    一般情况会结案

   在民事诉讼中，如果双方当事人在法院主持下达成了分期付款的调解协议，或者自行达成协议并经法院确认。当债务人按照协议开始履行第一期付款义务后，从程序上来说，案件大概率会以调解或和解的方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院的调解下，双方达成乙分 12 个月偿还的协议，乙按时支付了第一个月的款项，法院通常会出具调解书并终结该案件的审理程序，将案件作结案处理。

    存在特殊情况不结案

   若在达成分期付款协议后，债务人未按照协议履行付款义务，债权人可以向法院申请恢复执行。此时，案件就不会真正结案，而是会重新进入执行程序。比如上述案例中，乙支付了前 3 个月的款项后就不再支付，甲有权向法院申请恢复执行剩余未支付的款项，案件会再次启动执行流程。

    刑事附带民事诉讼

    积极履行可能影响处理结果

   在刑事附带民事诉讼中，如果被告人与被害人就民事赔偿部分达成分期付款协议并积极履行，这在一定程度上会影响刑事案件的处理。对于被告人来说，积极赔偿可以作为从轻量刑的情节。如果被告人按照协议持续履行赔偿义务，刑事部分可能会根据具体情况作出相应判决，民事部分也会随着协议的履行情况进行处理，一般在全部履行完毕后会作结案处理。

    不履行可能导致强制执行

   若被告人不履行分期付款协议，被害人可以就民事赔偿部分申请法院强制执行。刑事部分的判决不受影响，但民事赔偿的执行程序会继续进行，直到赔偿义务履行完毕，案件才会真正在民事赔偿层面结案。

    执行阶段达成和解

    履行完毕会结案

   在执行阶段，双方达成分期付款的执行和解协议后，当被执行人按照协议全部履行完毕义务，法院会以执行完毕的方式结案。例如，法院判决丙向丁支付货款及违约金共 20 万元，进入执行程序后，双方达成丙分 6 个月付清的和解协议，丙按时支付完所有款项后，法院会终结执行程序并结案。

    未履行或恢复执行

   如果被执行人不履行执行和解协议，申请执行人可以申请恢复原生效法律文书的执行。此时，案件会继续处于执行状态，不会结案，直到执行到位或者出现法定的终结执行情形。