司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事诉讼

    一般会结案

   在民事诉讼中，如果双方当事人就债务等纠纷达成司法协商分期付款协议，并且该协议经过法院确认，比如通过法院出具调解书的形式固定下来。当债务人按照协议约定按时、足额履行了分期付款的义务后，案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，经法院主持调解，双方达成协议，乙分 5 期偿还，每期 2 万元。乙按照协议如期偿还完所有款项后，法院会将该案件作结案处理。

    可能不结案

   如果债务人在司法协商分期付款过程中，出现违约情况，如未按时还款、未足额还款等，债权人可以依据调解书等法律文书向法院申请强制执行。在这种情况下，案件不会因为达成了分期付款协议就直接结案，而是会进入执行程序，直到债务人履行完义务或者出现其他法定的结案情形（如终结执行等）。

   比如上述案例中，乙偿还了 3 期后就不再还款，甲向法院申请强制执行，此时案件会继续处于执行状态，直至乙还清剩余款项或者出现符合终结执行的条件。

    刑事附带民事诉讼

    民事部分可能结案

   在刑事附带民事诉讼中，如果就民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议，且被告人按协议履行完毕，那么民事赔偿部分会结案。但刑事案件本身的刑事诉讼程序不受影响，会按照法律规定继续进行，根据犯罪事实、证据等对被告人作出刑事判决。

   例如，在一起故意伤害案件中，附带民事诉讼原告人要求被告人赔偿医疗费等损失 5 万元，双方达成分期付款协议。被告人履行完赔偿义务后，附带民事部分结案，但刑事审判仍会对被告人的故意伤害行为进行定罪量刑。

    刑事部分按程序进行

   刑事部分的结案需要经过侦查、审查起诉、审判等一系列法定程序，最终以法院作出判决且判决生效等方式结案，与民事部分的分期付款协商及履行情况没有直接关联。除非出现法定的撤销案件、不起诉等情形，否则刑事诉讼程序会正常推进。