司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商，确定了分期付款的方案，并且该方案得到法院的认可（比如通过法院制作调解书的形式予以确认）。当债务人按照分期付款协议按时、足额履行了全部还款义务后，案件通常会结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院主持下双方达成调解，约定乙分 10 期偿还，每月偿还 1 万元。乙按照协议如期偿还完 10 万元后，法院会终结该案件的执行程序或者作结案处理。

    可能不结案

   若债务人未按照分期付款协议履行义务，出现逾期还款等违约情形，债权人有权依据相关法律文书（如调解书）向法院申请强制执行，此时案件不会结案，而是进入强制执行程序。

   比如上述案例中，乙在偿还了 3 期后就不再还款，甲可以向法院申请强制执行乙剩余未还的 7 万元，案件会继续处于司法程序中。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   在刑事附带民事诉讼中，如果涉及民事赔偿部分达成了分期付款协议，和民事案件类似，当赔偿义务人按协议履行完毕赔偿义务，附带民事诉讼部分会结案。但刑事案件本身的刑事诉讼程序不会因为民事赔偿的分期付款履行情况而结束，它会按照法律规定的程序，对犯罪嫌疑人的刑事责任进行审判和裁决。

   例如，在故意伤害案件中，犯罪嫌疑人丙除了要承担刑事责任外，还需对被害人丁进行民事赔偿。双方就民事赔偿达成分期付款协议，丙履行完赔偿义务后，附带民事诉讼部分结案，但对丙的刑事审判会继续进行。

    不存在真正意义的“司法协商分期付款结案”

   刑事案件是国家公权力对犯罪行为进行追诉的过程，犯罪嫌疑人不能通过与被害人协商分期付款的方式来终结刑事诉讼程序。即使犯罪嫌疑人积极赔偿被害人损失并达成赔偿协议，这通常只能作为量刑情节予以考虑，但不能免除其刑事责任，案件仍会按照法定程序进行侦查、起诉和审判。