司法协商分期付款后一般会结案，但具体情况要分不同场景来看：

    民事案件

    通常会结案

   在民事案件中，当双方当事人达成司法协商并确定分期付款方案后，一般意味着双方就争议事项达成了和解。例如在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，经法院主持调解，双方达成被告分期偿还借款的协议。如果该协议得到法院确认并制作了调解书，被告按照调解书约定的期限和金额按时履行还款义务，那么案件通常会以执行完毕的方式结案。

    可能暂不结案

   若被告在分期付款过程中未能按照约定履行义务，比如某期款项逾期未支付，那么原告有权依据调解书向法院申请强制执行。此时，案件不会因达成分期付款协议而真正结案，而是会进入执行程序，直到被告完全履行义务或者通过其他合法方式使债务得到清偿，案件才会最终结案。

    刑事案件中的附带民事诉讼

    赔偿问题达成协议

   在刑事案件附带民事诉讼部分，如果双方就民事赔偿达成司法协商的分期付款协议，且按照协议履行，民事部分通常会结案。例如在故意伤害案件中，被害人提起附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费、误工费等损失，双方达成分期赔偿协议，被告人按时支付赔偿款，附带民事诉讼部分就会正常终结。

    不影响刑事部分处理

   需要注意的是，刑事案件的刑事部分不会因为附带民事赔偿达成分期付款协议而结案。刑事部分会依据法律规定和具体案情进行审理和判决，以追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

    行政案件

    达成和解协议

   在行政案件中，如果行政相对人与行政机关达成司法协商的分期付款协议，并且相对人按照协议履行了相关义务，行政机关也认可这种履行方式，案件通常会以和解方式结案。比如在行政处罚案件中，行政相对人因违法行为被处以罚款，经协商达成分期缴纳罚款的协议并履行，案件就会终结。

    相关问题未解决

   但如果在履行分期付款协议过程中出现争议，例如行政机关认为相对人履行方式不符合要求等，案件可能不会顺利结案，可能需要进一步通过法律程序解决纠纷。