司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看，以下从不同的司法场景为你分析：

    民事诉讼

    一般会结案

   在民事诉讼中，如果双方当事人达成了司法协商分期付款协议，并且按照协议的约定履行了相关义务，案件通常会以结案处理。

   例如，在债务纠纷案件中，原告起诉被告要求偿还欠款，在法院的主持下，双方达成了分期付款的调解协议。被告按照协议按时足额支付每一期款项，当全部款项支付完毕，意味着双方的争议已经得到妥善解决，法院一般会终结该案件的审理程序，并进行结案处理。

    可能暂不结案

   若只是达成了分期付款协议，但在履行过程中存在不确定性，法院可能不会立即结案。比如被告在支付了几期款项后出现违约情况，未能按时支付后续款项，此时原告可以依据协议和相关法律规定，要求法院恢复执行程序，继续维护自己的合法权益。这种情况下，案件就不会因为达成协议而结案，而是会持续处于司法程序中，直到争议最终解决。

    刑事附带民事诉讼

    民事部分可能结案

   在刑事附带民事诉讼中，对于民事赔偿部分，如果被告人与被害人就赔偿事宜达成了分期付款协议，并且按照协议履行赔偿义务，民事赔偿部分可以视为结案。

   例如，在故意伤害案件中，被害人提起附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费、误工费等损失，双方在法院主持下达成了分期付款赔偿协议。当被告人按照协议完成全部赔偿后，附带民事诉讼的民事赔偿部分就会结案，但刑事案件本身会依据刑事诉讼程序继续进行，根据犯罪事实、证据等对被告人定罪量刑。

    整体案件依刑事程序推进

   刑事部分不受民事赔偿分期付款协议的影响，会按照刑事诉讼的流程进行。只有当刑事部分经过侦查、审查起诉、审判等一系列法定程序，法院作出最终的刑事判决且生效后，整个刑事附带民事诉讼案件才会真正意义上全部结案。

    执行案件

    达成和解协议并履行完毕会结案

   在执行案件中，申请执行人和被执行人达成司法协商分期付款的和解协议，若被执行人严格按照协议约定的期限和金额履行还款义务，直至全部债务履行完毕，执行法院会按照规定作结案处理。

    达成和解协议但未履行完毕可能不结案

   如果达成了分期付款的和解协议，但被执行人未完全履行协议内容，申请执行人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书。此时，执行案件不会因达成和解协议而结案，而是会继续处于执行状态，法院会根据具体情况采取相应的执行措施，促使被执行人履行义务。