司法协商分期付款后案件是否会结案，需要分情况来看：

    民事诉讼案件

    一般情况

   在民事诉讼中，如果双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案，通常需要看具体的操作和流程。如果双方达成和解协议并按照协议履行，且向法院提交了申请，请求法院按照和解情况结案，法院经过审查后，可能会以调解、和解撤诉等方式结案。

   例如，在债务纠纷案件中，原告和被告在法院的主持下达成了分期付款的调解协议，被告按照协议按时履行还款义务，原告向法院申请撤诉，法院裁定准许撤诉后，案件就会结案。

    未完全履行或出现新情况

   如果在达成分期付款协议后，债务人没有按照协议约定的时间、金额等履行付款义务，债权人有权向法院申请恢复执行原生效法律文书。在这种情况下，案件不会结案，会继续处于执行程序中。

   比如，甲起诉乙偿还借款，双方协商后达成每月还款一定金额的协议，但乙仅偿还了一个月就不再履行，甲可以向法院申请恢复执行，法院会继续处理该案件。

    刑事附带民事诉讼案件

    达成赔偿协议且履行

   在刑事附带民事诉讼中，若被告人与被害人就民事赔偿部分达成分期付款协议，且被告人按协议履行赔偿义务，刑事部分会按照法定程序继续进行审判，而民事部分可能会以调解等方式结案。

   比如，在故意伤害案件中，被告人与被害人达成民事赔偿的分期付款协议，在被告人依约还款后，民事赔偿部分会有相应的处理结果；而对于被告人的刑事处罚，要依据其犯罪事实、情节和法律规定进行判决。

    未履行协议

   如果被告人未履行分期付款协议，被害人可以要求法院对被告人的财产进行强制执行。而且在刑事量刑时，未履行赔偿协议可能会影响对被告人的从轻处罚考量，案件的民事部分和刑事部分都会继续按照相应程序推进，不会因为达成协议而简单结案。

    行政诉讼案件

    达成和解并履行

   在行政诉讼中，若行政机关与行政相对人达成了包含分期付款内容的和解，并且相对人按照和解协议履行了义务，行政机关也认可，同时向法院提交相关材料，法院可能会准许原告撤诉从而结案。

   例如，在行政处罚案件中，行政相对人与行政机关协商一致，对罚款采取分期付款方式，相对人按时缴纳款项后，原告向法院申请撤诉，法院裁定准许后案件终结。

    未履行或存在争议

   要是相对人没有履行分期付款协议，或者双方在履行过程中对协议内容产生争议，法院可能会继续审理该案件，依法作出判决，案件不会就此结案。