司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商，确定了分期付款的方案，并且按照相关程序，该协商内容经法院审查确认，以调解书的形式予以固定。当债务人按照调解书约定的分期还款计划按时、足额履行还款义务后，案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，在民间借贷纠纷中，债权人起诉债务人要求偿还借款，双方在法院主持下达成调解，约定债务人分三期偿还欠款。债务人依约还清全部款项后，法院会作结案处理。

    不一定马上结案

   如果只是达成了分期付款的协议，但在履行过程中，债务人出现逾期还款等违约行为，债权人有权依据调解书向法院申请强制执行。在这种情况下，案件不会因为达成了分期协议就直接结案，而是会进入执行程序，直到债务人履行完全部义务或者出现其他法定的结案情形（如执行和解并履行完毕、终结执行等），案件才会结案。

    刑事案件

    如果是刑事附带民事诉讼部分

   刑事附带民事诉讼中涉及民事赔偿部分，如果双方就赔偿达成分期付款协议，且被告人按协议履行赔偿义务，附带民事诉讼部分可以按照民事案件的结案方式处理。但刑事案件本身不会因为民事赔偿的分期履行而结案，刑事案件会依据刑事诉讼程序，根据被告人的犯罪事实、证据等进行判决，判决生效且刑罚执行完毕等情况下刑事案件才会有相应的终结程序。

    如果单纯是刑事案件

   刑事案件不存在当事人之间就刑事责任进行“司法协商分期付款”的情况。刑事责任是由国家司法机关依法追究的，不能通过当事人协商分期承担刑罚。案件会根据侦查、审查起诉、审判等法定程序进行，直到作出最终的判决并执行，才会有相应的结案状态。