司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

    - 在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商，约定了分期付款的方案，并且该方案得到法院的认可，比如通过法院出具调解书的形式对分期付款协议进行确认。在这种情况下，通常意味着双方的纠纷在程序上得到了妥善处理，法院会按照规定进行结案操作。

    - 例如，在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，双方在法院的主持下达成了分期付款的调解协议，法院制作调解书送达双方当事人后，案件就会以调解结案的方式处理。

    特殊情况不结案

    - 如果在分期付款过程中，债务人未按照约定履行付款义务，债权人可以向法院申请强制执行。一旦启动强制执行程序，案件就不会因之前的协商分期付款而真正结案，而是会进入执行阶段继续处理。

    - 比如，甲与乙达成了分三期付款的调解协议，但乙只支付了第一期款项，就不再履行后续付款义务，甲向法院申请强制执行，此时案件会重新进入执行程序，直至执行完毕才会结案。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

    - 刑事附带民事诉讼中，如果就民事赔偿部分达成了分期付款的协议，并且履行完毕或者得到被害人的谅解等符合一定条件，附带民事诉讼部分可以结案。但刑事案件本身不会因为民事赔偿的分期付款协商而结束，刑事诉讼程序会继续进行，对被告人的刑事责任进行审判。

    - 例如，在故意伤害案件中，被告人与被害人就民事赔偿达成了分期付款协议，法院会对附带民事诉讼部分进行相应处理，而对被告人的定罪量刑仍会依据刑事法律进行审判。

    不存在刑事犯罪赔偿协商分期就结案情况

    - 刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，维护社会秩序和公共利益。犯罪行为侵犯的不仅仅是被害人的权益，更损害了社会的法律秩序和公共利益，所以不能通过与被害人协商分期付款赔偿就使刑事案件结案。只有经过侦查、审查起诉、审判等一系列法定程序，根据最终的判决结果，案件才会有相应的结论。