司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事纠纷中，当双方达成司法协商并确定了分期付款的方案，通常意味着双方就争议事项达成了和解。以常见的民间借贷纠纷为例，如果原告起诉被告要求偿还借款，在法院主持下双方达成了分期付款的调解协议，被告按照协议开始履行第一期还款义务，并且原告向法院申请撤诉，法院裁定准许撤诉后，案件就会结案。

   或者在法院出具包含分期付款内容的调解书后，双方按照调解书履行，在全部款项付清且无其他争议时，案件也会以执行完毕的方式结案。

    可能暂不结案

   如果达成的分期付款协议是在执行阶段，即便双方达成和解协议并开始按照协议分期履行，案件一般不会马上结案。法院通常会对案件作“和解长期履行”处理，仍然会对执行案件进行管理和监督。因为存在债务人后续不按照约定付款的可能性，如果出现这种情况，债权人可以申请恢复执行原生效法律文书。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼

   在刑事附带民事诉讼中，对于民事赔偿部分双方可以协商分期付款。比如交通肇事罪案件中，肇事方和受害方就民事赔偿达成分期付款协议，若肇事方积极履行协议，受害方予以认可，并且刑事部分已经审理完毕作出判决，那么附带民事诉讼部分可以视为结案。但如果在履行过程中肇事方违约，受害方可以通过法律途径要求其继续履行赔偿义务。

    单纯刑事案件

   刑事案件涉及国家对犯罪行为的追诉，犯罪嫌疑人或被告人与被害人之间就民事赔偿达成分期付款协议，只能在一定程度上影响量刑，但不能导致刑事案件结案。例如故意伤害案件，即便犯罪嫌疑人与被害人就赔偿达成了分期付款协议，司法机关仍会按照法定程序对犯罪嫌疑人的刑事责任进行追究，直至作出最终的判决，案件才会结案。