司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

    - 在民事纠纷中，当双方当事人达成司法协商，确定了分期付款的方案，并且经过法院的司法确认（例如制作了调解书）。如果债务人按照分期付款协议按时、足额履行了每一期的还款义务，那么该案件通常会以执行完毕的方式结案。

    - 例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，在法院主持下双方达成调解协议，约定乙分10期，每月偿还1万元。乙严格按照该协议履行，全部款项还清后，法院会终结案件执行程序并结案。

    可能不会立即结案

    - 如果债务人没有按照分期付款协议履行义务，哪怕只是一期未按时支付，债权人可以依据调解书等法律文书向法院申请强制执行。在这种情况下，案件不会结案，而是会进入执行程序，直到债务人履行完全部义务或者出现其他法定的结案情形（如终结执行等）。

    - 还是上述案例，如果乙支付了前3期后就不再还款，甲可以向法院申请强制执行乙剩余未还的7万元，此时案件会处于执行状态，直至乙还清欠款或者符合终结执行条件。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

    - 与民事案件类似，如果在刑事附带民事诉讼中，就民事赔偿部分达成了分期付款协议，当被告人按照协议履行赔偿义务完毕后，附带民事诉讼部分会结案。但刑事案件本身的刑事处罚部分不受此影响，依然会按照刑事诉讼程序进行判决和执行。

    - 例如，在一起故意伤害案件中，被害人提起刑事附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失5万元，双方达成分期付款协议。被告人履行完赔偿义务后，附带民事诉讼部分终结，但被告人仍需承担相应的刑事责任，如可能被判处有期徒刑等刑罚。

    不存在单纯的“司法协商分期付款结案”情况

    - 刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，犯罪嫌疑人、被告人不能通过与被害人协商分期付款的方式来使刑事案件结案。刑事案件一旦立案，要依据法律规定的程序进行侦查、审查起诉和审判，最终根据犯罪事实和法律规定对被告人定罪量刑。