司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商分期付款协议，并且按照协议约定的内容履行完毕，法院通常会结案。例如在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，双方在法院主持下达成了分期付款的调解协议，被告按照协议定期足额还款，当最后一期款项支付完毕后，法院会以执行完毕等方式结案。

    可能暂不结案

   如果达成了分期付款协议，但尚未履行完毕，案件一般不会立即结案。以买卖合同纠纷为例，双方达成司法协商，约定被告分三期支付货款，在被告只支付了第一期款项，后面两期还未支付的情况下，案件仍然处于未结状态。只有当被告完全履行协议后，法院才会正式结案。

    可能恢复执行

   若在分期付款过程中，被告出现违约，如未按照协议约定的时间、金额付款，原告有权向法院申请恢复执行原生效法律文书。比如在债务纠纷中，被告承诺每月偿还 5000 元，但连续两个月未按时还款，原告可以向法院申请恢复执行，此时案件会继续处于执行程序中，不会结案。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   与民事案件类似，如果刑事附带民事诉讼的双方就民事赔偿部分达成分期付款协议并履行完毕，附带民事诉讼部分可以结案，但刑事案件本身不会因民事赔偿的分期付款履行情况而结案。例如在故意伤害案件中，附带民事诉讼原告与被告就赔偿问题达成了分期付款协议，被告按约赔偿后，附带民事诉讼部分终结，但对被告人的刑事审判程序仍会按照法律规定继续进行。

    刑事案件整体

   刑事案件的结案通常取决于是否完成了侦查、审查起诉和审判等一系列法定程序，与犯罪嫌疑人、被告人是否与被害人达成赔偿的分期付款协议没有直接关系。例如，犯罪嫌疑人与被害人就民事赔偿达成了分期付款协议，但刑事部分仍要经过公安机关侦查、检察院审查起诉、法院审判等程序，直至法院作出最终判决并生效后，刑事案件才会结案。