司法协商分期付款后是否结案需要分情况来看：

    一般情形下达成司法协商并履行分期还款后会结案

    诉讼阶段

   在民事诉讼中，如果双方当事人在法院主持下达成了分期付款的调解协议，并且债务人按照协议约定按时、足额地履行了每一期还款义务，那么案件通常会以结案处理。

   以民间借贷纠纷为例，债权人起诉债务人要求偿还借款，在法院的调解下，双方达成了债务人分 12 期偿还借款的协议。当债务人在 12 期内全部还清欠款后，法院会根据实际情况将该案件作结案处理，在法院系统中标记为已结案件。

    执行阶段

   进入执行程序后，双方达成执行和解协议，约定了分期付款的方案。当被执行人按照和解协议的要求完成全部还款义务后，执行法院会终结执行程序，案件也就结案了。比如，在一个买卖合同纠纷的执行案件中，被执行人与申请执行人达成和解，分 6 期支付货款及违约金。被执行人如期履行完毕后，法院会裁定终结执行。

    存在特殊情况导致案件不会马上结案

    未完全履行分期还款协议

   如果在司法协商分期付款过程中，债务人没有按照协议约定履行还款义务，出现逾期还款甚至拒绝还款的情况，那么案件不会结案。在诉讼阶段达成调解协议后，若债务人违约，债权人可以向法院申请强制执行原生效法律文书；在执行阶段达成和解协议后，被执行人不履行和解协议的，申请执行人可以申请恢复执行原生效法律文书。例如，债务人在分 10 期还款的第 3 期就逾期未还，债权人有权通过法律途径让案件重新进入执行或继续审理程序，此时案件不会结案。

    存在后续衍生问题

   即使债务人完成了分期付款的还款义务，但如果存在一些与案件相关的后续衍生问题未解决，案件也可能不会马上结案。比如，在知识产权侵权纠纷案件中，除了经济赔偿的分期付款外，还涉及侵权产品的销毁、消除影响等其他事项未处理完毕，法院可能不会立即结案，要等所有相关事项都处理妥当后才会结案。