司法协商分期付款后是否会结案需要分不同情形来看：

    民事案件

    一般会结案

    - 在民事纠纷进入司法程序后，双方达成协商分期付款的协议，并且签订了正式的和解协议或者调解协议。例如在民间借贷纠纷中，债务人与债权人协商好分若干期偿还欠款，同时将该协商内容以法院调解书的形式固定下来。

    - 这种情况下，如果是在法院主持下达成调解，法院会根据规定以调解方式结案；如果是双方自行和解，原告可以向法院申请撤诉，经法院准许后，案件也会以撤诉方式结案。

    不一定结案

    - 达成协商分期付款协议后，如果一方当事人不履行协议约定的还款义务。比如债务人在第一期还款期限到了之后，拒绝按照约定还款，那么另一方可以向法院申请恢复执行（如果案件已经进入执行阶段）或者依据调解协议再次起诉（如果是自行和解），此时案件就不会因为达成了分期付款协议而彻底结案，而是会重新进入司法程序处理后续纠纷。

    刑事案件

    公诉案件

    - 司法协商分期付款通常涉及刑事附带民事诉讼部分，即犯罪行为给被害人造成物质损失，双方就赔偿问题达成分期付款协议。但对于刑事部分，这是由国家公诉机关代表国家追究犯罪嫌疑人的刑事责任，不会因为民事赔偿的分期付款协商而结案。

    - 例如在故意伤害案件中，犯罪嫌疑人与被害人就医疗费等赔偿达成分期付款协议，刑事诉讼程序依然会按照法律规定继续进行，法院会根据犯罪事实、证据等对犯罪嫌疑人作出刑事判决。

    自诉案件

    - 对于一些轻微刑事案件，如侮辱、诽谤案（严重危害社会秩序和国家利益的除外）、暴力干涉婚姻自由案、虐待案等，如果双方就民事赔偿达成分期付款协议，同时被害人愿意谅解犯罪嫌疑人并撤回自诉的，经法院审查符合撤诉条件，案件可以结案。

    - 不过，如果被害人在接受部分赔偿后又反悔，不撤回自诉，案件则会继续审理。