司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案的情况

    执行和解并履行完毕 ：在民事执行程序中，双方当事人达成司法协商分期付款协议，且债务人严格按照协议约定的期限和金额履行了全部还款义务。这种情况下，执行案件通常会以执行完毕的方式结案。例如，甲起诉乙偿还借款10万元，法院判决乙还款后甲申请强制执行，在执行阶段双方协商乙分5期还款，乙按约还清了全部款项，此时执行法院会作出执行结案的裁定。

    达成调解协议并履行 ：在诉讼过程中，双方达成司法调解，约定分期付款，当债务人完成全部付款义务后，案件也会正常结案。比如在买卖合同纠纷中，双方在法院主持下达成调解，买方分三次向卖方支付货款，买方依约支付完毕，法院会终结该诉讼程序。

    不一定结案的情况

    未完全履行协议 ：如果双方达成了分期付款协议，但债务人没有按照协议的约定按时、足额还款，那么案件通常不会结案。债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书，继续通过强制执行程序来追讨债务。例如，在上述执行和解分期付款案例中，乙只支付了前两期款项，第三期开始逾期未付，此时甲可以向法院申请恢复执行，案件继续处于执行状态。

    存在后续纠纷 ：即使债务人按照分期付款协议履行了还款义务，但如果双方就协议履行过程中的其他事项产生新的争议，如对款项性质、履行方式等存在分歧，并且该争议需要通过司法程序解决，那么可能会引发新的诉讼，原案件虽然可能形式上结案，但双方的纠纷并未完全终结。

    刑事案件

   刑事案件一般不存在司法协商分期付款的概念。刑事案件主要是国家公诉机关代表国家对犯罪嫌疑人提起诉讼，追究其刑事责任。不过在一些刑事附带民事诉讼中，如果涉及民事赔偿部分，双方可以就赔偿款的支付达成分期付款协议。当被告人按照协议履行完赔偿义务后，附带民事诉讼部分通常会结案，但刑事部分会根据法院的判决，依据刑法规定对被告人进行相应的刑事处罚，刑事诉讼程序按照法律规定的流程推进直至终结，与民事赔偿的分期付款履行情况没有直接关联。例如，在故意伤害案件的刑事附带民事诉讼中，被告人与被害人达成赔偿医疗费等损失的分期付款协议并履行完毕，附带民事诉讼部分结束，但刑事审判会根据被告人的犯罪情节等作出判决。