司法协商分期付款后案件通常会按不同情况有不同的处理结果，不一定必然结案，以下为你详细分析：

    会结案的情况

    民事诉讼

   在民事案件中，如果双方当事人达成司法协商分期付款协议，并且按照协议约定全面履行了各自的义务。例如，在债务纠纷案件里，被告按照协商好的分期还款计划，按时、足额偿还了每一期欠款，原告的权益得到了完全实现。此时，原告一般会向法院申请撤诉，或者法院会根据实际情况裁定终结诉讼程序，案件就此结案 。

    执行程序

   当案件进入执行阶段后，双方达成执行和解协议，约定分期付款。如果被执行人严格依照协议履行付款义务，直至全部债务清偿完毕。法院会根据相关规定，以执行完毕方式结案。

    不会结案的情况

    未完全履行协议

   在司法协商分期付款过程中，若付款方没有按照协议约定的时间、金额等条件履行付款义务，出现逾期或未足额支付的情况。比如，原本约定每月 15 日还款 5000 元，但付款方连续两个月未按时还款，那么这种情况下，案件不会结案。对于民事诉讼，原告可能会要求恢复原生效法律文书的执行；在执行程序中，执行法院可以根据申请执行人的申请，恢复执行原生效法律文书。

    存在其他纠纷或后续问题

   即使付款方按照协议完成了分期付款，但如果双方就协议履行过程中的一些附带事项仍存在争议，例如协议履行过程中产生的利息计算、违约责任等问题无法达成一致，那么案件可能也不会轻易结案，当事人可能需要进一步通过协商、调解或诉讼等方式解决这些遗留问题。