司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事纠纷中，当双方达成司法协商并确定分期付款方案后，通常意味着双方就争议事项达成了一致的解决方案。以常见的民间借贷纠纷为例，债权人起诉债务人要求偿还借款，在法院的主持下，双方达成了分期付款的调解协议。如果债务人按照协议按时、足额履行了各期付款义务，那么案件一般会以执行完毕或者和解的方式结案。法院会根据具体情况，作出终结执行等相关裁定，并将案件进行归档处理。

    可能不会结案

   如果在达成司法协商分期付款协议后，债务人没有按照协议约定履行付款义务，哪怕只是一期未按时支付，债权人有权依据相关法律规定和协议约定，向法院申请恢复执行原生效法律文书或者要求债务人承担违约责任等。在这种情况下，案件就不会结案，而是会继续处于执行或者审理状态，直到争议得到最终解决。

    刑事案件

    不存在“司法协商分期付款”用于结案的情况

   刑事案件是国家公诉机关代表国家对犯罪嫌疑人提起的诉讼，主要目的是惩罚犯罪、维护社会秩序和公共利益。刑事犯罪的法律后果是由刑法明确规定的，包括刑罚的种类和幅度等，不能通过犯罪嫌疑人与被害人之间的协商分期付款来解决刑事责任问题。不过，在一些刑事附带民事诉讼中，对于民事赔偿部分，双方可以协商分期付款。但这只是对民事赔偿部分的处理，刑事部分仍会按照法定程序进行审判和执行，只有当刑事部分的判决执行完毕（如服刑期满、缓刑考验期结束等），整个刑事案件才会真正结案。